企业特色VS管理规范
MES是一种先进的生产管理理念，好的MES系统体现了一种科学、规范、细化的生产管理方法。因此，决策者在选择MES的时候，实际上也就在企业内引入了一种全新的规范生产管理方法。另一方面，企业生产管理者在多年的经营管理中已经形成了很多适合行业特色、本企业自身特色和本企业领导者特色的生产管理方式，这些方式符合企业自身的文化特色，在生产过程中发挥着很重要的作用。
遵循规范、科学的MES还是坚持灵活的企业特色成为决策者必须解决的问题，通常有三种答案：
1、完全采用MES先进方法，牺牲企业自身特色;
2、遵循企业生产管理特色，对MES进行“大手术”;
3、既采用MES的先进方法，又满足企业生产管理特色。
方法1的优点在于实施周期短，系统功能完善;缺点在于生产人员适应周期长。
方法2则相反，实施周期长，系统出错率高;优点在于生产人员适应周期短。
方法3是一种折中的方法，关键在于把握其中的度。通常，成熟的MES产品仅允许不超过20%的定制开发工作量，如何利用好这20%的特色是企业进行MES实施前要仔细规划的问题。
自主开发VS选择成熟产品
目前，中国制造企业在进行MES建设时存在两种模式：一种是选择成熟产品的咨询实施模式，一种是自主建设模式。大多数企业选择的是第一种模式，但是一方面由于中国制造企业管理文化上的特色以及某种落后性，使得MES显得在中国制造企业水土不服，很多功能模块无法在企业内部进行推广；另一方面，市场上一些MES产品在技术和管理思想上的不成熟或缺乏实施经验，导致企业对MES产品的满意度比较低。因此，一部分具有很强研发和资金实力的企业选择了自主开发的模式。
两者比较起来，自主开发实施周期长，系统维护复杂，但应用见效快；选择成熟产品，实施周期短，系统维护工作量小，但应用见效慢。但是，选择自主开发的企业大多具有一定的实施背景条件，如承担某项大型的科研示范工程，或者在国际合作中引入了某原型软件并进行消化吸收。对于国内大多数企业来说，选择成熟产品进行适当二次开发是一种更为明智的做法。
继承历史VS全新实施
很多企业在进行MES选型前，信息化建设不是一片空白，或者已经实施了MES但应用不成功，或者已经有了大量单项应用。面对大量的历史投资，每个决策者都希望能够利用好历史系统，保护投资。希望新实施的MES系统能够与历史系统进行接口，利用其中一部分或者全部功能。兼容性是对新建MES系统的基本要求，但兼容的同时新系统也必然会被旧系统拖后腿，这是保护投资必须付出的代价。
因此，究竟是否利用旧系统，如何利用好旧系统，在系统建设前要进行统一评估和规划。基本原则是：第一，保证实现新建系统的目标;第二，在第一条的前提下尽可能使历史系统的价值最大化。
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